A especificidade do Instituto Bom Pastor, isto é, aquilo que constitui a sua razão de ser, está na missão, confiada pela própria Santa Sé, de defender e difundir a Tradição católica sob todas as suas formas: doutrinal, apostólica e litúrgica. Assim, o IBP visa colocar ao serviço da Igreja sacerdotes formados segundo a tradição litúrgica e teológica da Igreja, para assegurar em seu ministério um apostolado integralmente tradicional.
Tal missão é concretizada primeiramente pelo uso exclusivo do Rito Romano Tradicional (conforme os livros litúrgicos em vigor em 1962, também chamada de “forma extraordinária do rito romano”) em todos os atos litúrgicos. Assim, o Instituto busca difundir esse tesouro litúrgico da Igreja a todos os fiéis católicos, buscando dar seu auxílio na missão de reevangelização do mundo atual, que deve necessariamente se fundar na Tradição da Igreja.
Em segundo lugar, tal missão se concretiza igualmente na formação espiritual, filosófica e teológica tradicional, particularmente conforme a teologia de São Tomás de Aquino, tão recomendada pelos Sumos Pontífices. Essa missão reside também na possibilidade dada expressamente pela Santa Sé de uma crítica séria e construtiva dos atos controversos do magistério recente, segundo os princípios teológicos que regem os diversos graus de magistério e o assentimento a eles devido. Isto não para causar vã polêmica, mas para pôr à disposição da autoridade eclesiástica sólidos argumentos teológicos para a correta interpretação ou, quando for o caso, correção destes textos.
Nesta preocupação de garantir uma sólida formação acadêmica, os seminaristas de Courtalain têm a possibilidade de, uma vez completados os seis anos de estudo no seminário, obter um bacharelado canônico em teologia pelo Instituto Católico de Toulouse. Ainda, a maioria dos jovens padres ordenados no IBP prosseguem a sua formação acadêmica, buscando mestrados e doutorados em teologia, filosofia, direito canônico, etc. Também, buscando bem cumprir essa missão, o Instituto promove colóquios e conferências sobre diversos temas de teologia e filosofia, buscando assim ter uma voz ativa nos debates teológicos atuais. Assim, por exemplo, entre 2006 e 2015, membros do IBP promoveram, na França, colóquios e simpósios sobre distintos temas: liturgia, tradição ou mutação, questões de ontologia tomista.
O apostolado do Instituto pode se desenvolver em âmbitos diversos: paróquias pessoais, mas também capelanias, escolas, pregação de retiros, obras de caridade, formação sacerdotal e de leigos, por meio de cursos, conferências, colóquios, etc. Tudo aquilo que serve para o bem das almas pode fazer parte do ministério de um padre do Instituto.